區別在于分級、側重點、辦學制度、和公立私立。

1、分級不同

二本A類好于二本B類院校，雖然，兩者在學歷上都是二本本科學歷，但是，本科教育院校是分為“重點本科高校”與“普通本科高校”。

2、側重不同

“重點本科高校”與“普通本科高校”只是側重不同，無本質差別，前者非常注重理論研究，后者更注重理論實踐應用。

3、辦學制度不同

A類院校為一般公辦本科院校；B類院校為本科院校分校或近幾年國家批準從專科升為本科的院校，一般是民辦三本大學或者獨立學院。

4、公私區別

本科A類及以上的是公立大學，而相對來說,本科B類就是私立大學了。

2016廣東高考起本科二批錄取合并：

2017年，廣東省高考將原第二批本科A類及B類兩個招生錄取批次合并為“第二批本科批次”，批次合并后，第二批本科批次的普通類志愿數將增加至11個。

批次合并后，第二批本科批次的普通類（含文理科）仍實行平行志愿。第一組院校志愿數設置為7個，第二組院校志愿數設置為4個；第一批本科批次普通類平行志愿院校志愿數參照第二批本科批次執行。

第二批本科批次的藝術類（含音樂、美術類）仍實行梯度志愿。藝術類“統考”院校志愿數設為3個；藝術類“校考”院校志愿數設為2個；因原第二批本科B類批次無“統考+校考”招生類型，藝術類“統考+校考”院校志愿數保持不變，仍設為1個。

第二批本科批次的體育類仍實行梯度志愿，體育類院校志愿數設為3個。

廣東省教育考試院有關負責人表示，調整和優化高校招生錄取批次是《國務院關于深化考試招生制度改革的實施意見》（以下簡稱《意見》）的重要內容之一，《意見》明確提出要“創造條件逐步取消高校招生錄取批次”。

從廣東省往年的高校錄取情況看，高校招生分批錄取有利有弊，民辦學校、獨立學院在起步發展階段實行A、B線錄取，有利于學校完成招生計劃，便于考生報考。經過多年的發展，廣東省民辦學校、獨立學院辦學條件逐步改善、辦學水平逐步提高，得到了社會的逐步認可，社會認知程度有所提高，合并批次錄取條件已經成熟。

因此，廣東省從2017年起，將原第二批本科A類及B類兩個招生錄取批次調整合并為“第二批本科批次”。