一、企業所得稅（集體企業）
1.超標準稅前列支各項費用。如，超比例計提補充養老保險、住房公積金，超標準計提效益工資，以及按個別地方政府文件規定繳納但稅法規定不得扣除的公益贊助、業務招待費、捐贈支出等。
2.未按權責發生制當期核算、當期攤銷。如有些往來款項的余額未調增當年應納稅所得額。
3.多計支出。在生產費用中多列支與生產無關的費用，如差旅費、會議費、業務招待費等。少數企業還存在多提折舊等多列成本費用的問題。
4.少計收入。未將房屋、設備出租收入、銷售處理廢舊物資、材料等非主營業務收入或其它收入計入企業應納稅所得額。
二、個人所得稅
1.發放各種補貼、考核獎金、防暑降溫費、報銷費用、補充養老保險及補充醫療保險等未并入當月工資薪金代扣代繳個人所得稅。
2.應在每月合并計算的個人收入，分類分項扣繳個人所得稅，從而重復扣除免征額，錯誤適用較低稅率，少繳稅款。
3.各企業使用的個人所得稅扣繳軟件不統一，扣繳方法不規范，稅額不準確。
三、其它稅種
1.因少計銷售收入、營業收入等問題，企業相應存在少征營業稅、城建稅、教育費附加等問題
2.簽定合同未繳印花稅。
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